북새통문고는 2004년까지 만화마트라는 이름으로 운영되던 당시에는 근처 한양툰크에 밀리는 위치였으나 인천의 만화총판 '인광서적'이 인수하여 현재의 이름으로 재개장한 후 빠르게 성장했다. 대원씨아이, 학산문화사 등을 비롯하여 주요 만화, 라이트노벨, 장르문화 출판사의 도서들을 한국내에서 가장 방대하게 갖추고 있다.
점포 위치가 출판사들이 집중된 홍대, 서교동 지역이기도 하고, 일산/파주 지역에서도 가깝기에, 출판 관계자들이 시장 상황을 체크할 때 최우선적으로 북새통문고를 체크하며, 한국 만화출판 시장의 바로미터 같은 곳이라 할 수 있다. 그렇기에 많은 작가들이 신작 홍보를 위해 찾기도 한다. 교보문고, 영풍문고에서나 볼 법한 유명 작가들의 사인회 등 여러 이벤트를 진행하고 있다.
다양한 만화라인이 풍부하게 있으며 전문서점인 만큼 찾아오는 손님들도 덕력이 깊어 책을 고르는 손님들이 나누는 대화를 들어보면 대체로 우주를 느낄 수 있다. 샤방샤방하게 차려입고 풀 메이크업을 한 아가씨도 마음 편히 BL서적을 집어들어 계산할 수 있는 곳. BL 도서나 라이트 노벨, 웹툰 출판본, 판타지 소설도 갖추고 있으며 신간에 매우 충실하다.
2014년 시행된 도서정가제와 2020년 코로나19로 인해 경영난을 겪고 있다가, 결국 2020년 12월 15일 영업을 종료하게 되었다. 다만, 총판 업무 및 온라인 판매는 계속하고 오프라인 서점의 영업만 종료된다.
2년 전인 2018년에 경쟁서점이었던 한양툰크가 폐점하면서 유일하게 남았으나 2년만에 이 곳도 폐점하게 되면서 홍대거리에서의 만화서점은 사실상 사라지게 되었다.
12월 10일, 공식 홈페이지에서 매장 영업종료일을 2021년 2월 28일로 연장했다고 공지를 띄웠다.
