2020 도쿄 올림픽 조직위원회의 홈페이지에서 일본열도 지도에 독도와 쿠릴열도 4개의 섬을 자국 영토로 표기한 것이 알려졌다.
이에 한국 외교부는 독도가 일본의 영토인 것처럼 기재돼 유감이고, "2018 평창 동계올림픽에선 올림픽 정신에 반한다는 일본의 항의가 있어 그러한 요구에 응해 한반도기에 독도 표기를 삭제했다."라고 항의하며 일본 측의 독도 표기 삭제를 요구했다. 또한 조직위 사이트의 일본해 표기에 대해서도 항의했다고 한다.
참고로 지난 2018 평창 동계올림픽 당시 일본 측은 남북단일팀의 한반도기에 독도가 표기됐다는 이유로 강하게 항의했었고, 국제올림픽위원회(IOC)가 독도가 표기된 한반도기를 '정치적 행위'로 규정하고 독도 없는 한반도기를 들 것을 권고했기에 한국 측은 이 권고를 받아들여 독도를 한반도기에서 제외한 바 있다.
그러나 일본 정부 측은 다케시마(독도)는 일본 고유의 영토라고 주장하며 한국 측 항의를 받아들이지 않았는데 스가 요시히데 관방장관은 '한국 측에는 다케시마(독도)의 영유권과 '일본해'에 관한 일본의 입장에 비추어 결코 받아들일 수 없다는 입장을 전달했다.'고 밝혔다.
대한체육회는 국제올림픽위원회(IOC)와 일본올림픽위원회(JOC)에 "2020년 도쿄올림픽 조직위원회 홈페이지에서 독도를 일본 영토처럼 표현했다." 항의하고 바로잡아 달라는 서한을 보냈다고 한다.
하지만 8월 말, 일본 조직위는 한국의 요구를 거부하고 독도 표시를 존치한다는 입장을 밝혀왔다.
IOC 측은 평창 동계올림픽 때와는 달리 일본 측의 결정에 반응이 없다.
한편, 쿠릴 열도 표기에 대해서 러시아 측도 항의했으며, 보이콧까지 고려할 수 있다고 언급했다고 한다.
2021년 5월에는 일본이 한국 정부와 민간단체의 항의를 받고 홈페이지의 지도 디자인을 변경하긴 했으나, 정작 이 지도에도 독도가 일본 영토로 표기된 사실이 드러났다. 더 황당한 것은 새 지도에선 독도가 육안으로 잘 보이지 않게 꼼수를 써서 교묘히 표기를 했다는 것이다. 정부 관계자는 "일본의 행위는 올림픽 정신에 어긋나는 것으로 즉각 시정해야 한다"며 "외교부와 대한체육회, 두 채널을 통해 공식 항의를 포함한 조치들을 최대한 빨리 취하기로 결정했다"고 밝혔다.
